News

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NEWS to package RFLPtools

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Version 1.6

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• added reference Flessa et al. (2013) to man files.
• added some further checks for function input.
• functions RFLPdist and RFLPdist2ref obtained an argument LOD for handling values below some given limit of detection (LOD).
• new example datasets refDataGerm and newDataGerm taken from the GERM software
• added function germ which represents an implementation of the Good-Enough RFLP Matcher (GERM) program.
• added function FragMatch which represents an implementation of the FragMatch program.
• added function simulateRFLPdata to simulate RFLP data.

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Version 1.5

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• update of vignette
• extension of function RFLPdist2: additional option that missing bands occur only below a specified LOD
• new function RFLPcombine to combine RFLP datasets
• new function RFLPlod to remove bands below a given limit LOD
• more flexible arguments for functions RFLPplot and RFLPrefplot

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Version 1.4

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• correction of some minor bugs
• added function linCombDist to compute a linear combination of distances
• introduced vignettes folder
• updated affiliations in vignette and added some explanations regarding the use of NCBI BLAST
• added option "sep" to function "read.blast".

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Version 1.3

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• added function diffDist for distance matrix computation based on successive differences

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Version 1.2

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• RFLPplot and RFLPrefplot gained argument "colBands" to specify color(s) for the plotted bands.
• added reference to recent article
• in examples now use of simPlot instead of corPlot, hence requires package MKmisc version 0.8

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Version 1.1

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• added NEWS file
• some examples simplyfied to reduce check-time
• added warnings for BLAST datasets for the case that there are subject.ids which do not occur as query.ids
• extended vignette and package Rd-file by RFLPplot and RFLPrefplot examples

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Version 1.0

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• start of implementation, first version on CRAN

Reference manual