International Classification of Diseases 'ICD-10'/'ICD-11' for Chile

Tools for working with the International Classification of Diseases ('ICD-10' Chile official 'MINSAL'/'DEIS' v2018). Includes optimized 'SQL' search with 'SQLite', fuzzy matching of medical terms ('Jaro-Winkler'), Charlson and Elixhauser comorbidity calculation, 'WHO' 'ICD-11' 'API' integration, and hierarchical code validation. Data from Centro FIC Chile 'DEIS' < https://deis.minsal.cl/centrofic/>.

Idioma / Language: Español | English

ciecl

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública | Universidad de Chile

Clasificación Internacional de Enfermedades (CIE-10) oficial de Chile para R.

Paquete especializado para búsqueda, validación y análisis de códigos CIE-10 en el contexto chileno. Incluye el catálogo oficial MINSAL/DEIS v2018 con búsqueda optimizada, cálculo de comorbilidades y acceso a la API CIE-11 de la OMS.

Finalidad

ciecl facilita el trabajo con códigos CIE-10 en investigación y análisis de datos de salud en Chile, eliminando la necesidad de manipular archivos Excel manualmente. Los registros clínicos chilenos suelen contener códigos con inconsistencias de formato (espacios, mayúsculas, puntos faltantes); el paquete automatiza la corrección vectorizada de estas inconsistencias de forma eficiente, valida los códigos contra el catálogo oficial y permite el cálculo de índices de comorbilidad (Charlson, Elixhauser) directamente sobre los diagnósticos. Está dirigido a epidemiólogos, bioestadísticos y científicos de datos que trabajan con registros clínicos chilenos.

Características principales:

• Catálogo oficial CIE-10 Chile (MINSAL/DEIS v2018) embebido como dataset
• Siglas médicas chilenas (IAM, EPOC, DM2, HTA, TBC, …)
• API CIE-11 OMS para búsqueda en la clasificación internacional vigente
• Validación y normalización vectorizada: acepta E110, E11.0, e 11 0, I10-0, etc.
• Búsqueda fuzzy Jaro-Winkler tolerante a errores tipográficos
• Cálculo de comorbilidades Charlson/Elixhauser con comorbidity
• Consultas SQL directas sobre el catálogo completo con SQLite + FTS5
• Expansión jerárquica de categorías (ej: E11 → E11.0, E11.1, …, E11.9)

El dataset está establecido por el Decreto 356/2017 del MINSAL como clasificación oficial de enfermedades. No es modificable por el paquete; solo se actualiza por decreto institucional.

Instalación

# CRAN
install.packages("ciecl")

# rOpenSci R-universe
install.packages("ciecl", repos = c("https://ropensci.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))

# GitHub (desarrollo)
# install.packages("pak")
pak::pak("ropensci/ciecl")

Uso rápido

library(ciecl)

# Busqueda exacta por codigo
cie_lookup("E11.0")
#> # A tibble: 1 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Multiples codigos
cie_lookup(c("E11.0", "I10", "Z00"))
#> # A tibble: 3 × 11
#>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
#>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>    
#> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 2 I10    Hipertensión ese… I10 HIPE… I10-I1… Cap.09  ENFERM… <NA>      <NA>     
#> 3 Z00    Examen general e… Z00 EXAM… Z00-Z1… Cap.21  FACTOR… <NA>      <NA>     
#> # ℹ 4 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>,
#> #   uso_cl <chr>

# Descripcion directa (vectorizada) para usar en mutate()
cie_describe(c("E11.0", "I10"))
#> [1] "Diabetes mellitus tipo 2 con coma" "Hipertensión esencial (primaria)"

# Ejemplo en flujo dplyr
# egresos |> dplyr::mutate(desc = cie_describe(codigo))

# Busqueda fuzzy tolerante a errores
cie_search("diabetis mellitus")
#> # A tibble: 50 × 4
#>    codigo descripcion                                            score categoria
#>    <chr>  <chr>                                                  <dbl> <chr>    
#>  1 E10    Diabetes mellitus insulinodependiente                    0.5 E10 DIAB…
#>  2 E10.0  Diabetes mellitus tipo 1 con coma                        0.5 E10 DIAB…
#>  3 E10.1  Diabetes mellitus tipo 1 con cetoacidosis                0.5 E10 DIAB…
#>  4 E10.2  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones renales      0.5 E10 DIAB…
#>  5 E10.3  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones oftálmicas   0.5 E10 DIAB…
#>  6 E10.4  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones neurológi…   0.5 E10 DIAB…
#>  7 E10.5  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones  circulat…   0.5 E10 DIAB…
#>  8 E10.6  Diabetes mellitus tipo 1 con otras complicaciones esp…   0.5 E10 DIAB…
#>  9 E10.7  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones múltiples    0.5 E10 DIAB…
#> 10 E10.8  Diabetes mellitus tipo 1 con complicaciones no especi…   0.5 E10 DIAB…
#> # ℹ 40 more rows

# Siglas medicas chilenas
cie_search("IAM")
#> ℹ Sigla detectada: "IAM" -> "infarto agudo miocardio"
#> # A tibble: 50 × 4
#>    codigo descripcion                                            score categoria
#>    <chr>  <chr>                                                  <dbl> <chr>    
#>  1 I21    Infarto agudo del miocardio                                1 I21 INFA…
#>  2 I21.0  Infarto transmural agudo del miocardio de la pared an…     1 I21 INFA…
#>  3 I21.1  Infarto transmural agudo del miocardio de la pared in…     1 I21 INFA…
#>  4 I21.2  Infarto agudo transmural del miocardio de otros sitios     1 I21 INFA…
#>  5 I21.3  Infarto transmural agudo del miocardio, de sitio no e…     1 I21 INFA…
#>  6 I21.4  Infarto subendocárdico agudo del miocardio                 1 I21 INFA…
#>  7 I21.9  Infarto agudo del miocardio, sin otra especificación       1 I21 INFA…
#>  8 I23    Ciertas complicaciones presentes posteriores al infar…     1 I23 CIER…
#>  9 I23.0  Hemopericardio como complicación presente posterior a…     1 I23 CIER…
#> 10 I23.3  Ruptura de la pared cardíaca sin hemopericardio como …     1 I23 CIER…
#> # ℹ 40 more rows

¿No sabes cuál función usar? cie_guide() muestra una tabla comparativa con el escenario, la función recomendada y un ejemplo para cada caso.

# Comorbilidades (requiere: install.packages("comorbidity"))
df |> cie_comorbid(id = "paciente", code = "diagnostico", map = "charlson")

API CIE-11 (opcional)

Para usar cie11_search() necesitas credenciales gratuitas de la OMS (https://icd.who.int/icdapi). Recomendamos guardarlas con el paquete keyring:

keyring::key_set("ciecl_icd11")  # client_id:client_secret
Sys.setenv(ICD_API_KEY = keyring::key_get("ciecl_icd11"))
cie11_search("diabetes mellitus")

Las funciones de CIE-10 (núcleo del paquete) funcionan sin API key.

Datos

Catálogo oficial CIE-10 MINSAL/DEIS v2018:

• Fuente: DEIS — Centro FIC Chile
• Dominio público según Decreto 356/2017

Contribuir

• Reportar bugs: https://github.com/ropensci/ciecl/issues
• Contribuir: ver CONTRIBUTING.md

Licencia

MIT + datos MINSAL de dominio público.

Autor

Rodolfo Tasso Suazo — [email protected] Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública, Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina, Universidad de Chile.

Agradecimientos

• Diseño del logotipo del paquete: @fje1.

Enlaces

• Repositorio: https://github.com/ropensci/ciecl
• DEIS MINSAL: https://deis.minsal.cl
• API CIE-11: https://icd.who.int/icdapi

Grupo de Ciencia de Datos para Salud Pública
Escuela de Salud Pública, Facultad de Medicina
Universidad de Chile